تقسم أهداف سلطة المياه الى:
- أهداف تطويرية عليا والتي تهدف لتحقيق النمو الاقتصادي والأمن المائي والغذائي من خلال تأمين الحقوق المائية للفلسطينيين ، وتحقيق التوزيع العادل لمصادر المياه بين القطاعات المختلفة وتحقيق التنمية المستدامة لهذه المصادر من خلال حمايتها و الإدارة الناجعة و المنصفة لكافة المصادر المائية، وتتولى سلطة المياه المسؤولية الأساسية عن إدارة هذه المصادر.
- أهداف عامة وهي:
- تنظيم وإدارة قطاع المياه والصرف الصحي في فلسطين ، بما يضمن تأمين الحقوق المائية وتحقيق التوزيع العادل بين كافة القطاعات المختلفة.
- ضمان أنجع وأمثل الطرق لإدارة كافة مصادر المياه المتوفرة في فلسطين وتنميتها بشكل مستدام ، من اجل تحقيق الموازنة بين كميات المياه المتوفرة كماً ونوعاً وحاجات الشعب الفلسطيني في الحاضر والمستقبل.
- تحقيق الإستخدام الأمثل لمصادر المياه من خلال تطوير خدمات المياه بما يضمن الأمن المائي والغذائي والتنمية الاقتصادية للدولة الفلسطينية.
- أهداف فرعية وهي:
- تدعيم وتقوية البناء المؤسسي لقطاع المياه والعمل على بناء مرافق المياه الوطنية والإقليمية لتطوير خدمات المياه.
- تحقيق كادر مؤهل في قطاع المياه والصرف الصحي بمؤهلات مهنية عالية يعمل على رفع كفاءة عمل القطاع بما يتلاءم مع المواصفات و المقاييس المطلوبة.
- تطوير وضمان مواصفات وجودة الأعمال الفنية الهندسية المتعلقة بمشاريع المياه والصرف الصحي للخروج ببنية تحتية متينة تخدم أطول فترة ممكنة بأقل تكلفة.
- توفير البيئة المناسبة والتطوير المستدام لمصادر المياه التي تضمن توفير المياه للمواطن الفلسطيني بنوعية مناسبة وكمية كافية وبسعر مناسب.
- التأكد من عدم التجاوز في استغلال مصادر المياه عما هو مقر لها، وبالشكل الذي يضمن ديمومتها وعدم استنزافها وتلويثها، وان الخدمة المقدمة للمواطن هي ضمن المعايير المعتمدة.
- التأكد من توفر مصادر المياه بما يضمن ديمومتها، والعمل على التأكد من نوعية وجودة المياه بما يتلاءم مع المواصفات العامة.
- الإدارة المتكاملة للمصادر المائية والتخطيط الشامل لقطاع المياه وعمل الخطة الوطنية التطويرية بما يتلاءم مع مصادر المياه المتوفرة و بالتنسيق مع كافة الشركاء.